Hola, podes cerrar el proceso que lo mantiene abierto y así ese archivo quedará libre, pero algo importante que debés tener en cuenta, si bien podes liberar ese archivo que está siendo usado o abierto por algún programa, ten en cuenta que podes dañar el archivo o la información que contiene dentro de él y justamente puede ser posible porque lo estarías cerrando a la fuerza de una manera forzada/bruta y puede traerte problemas.
Si ese archivo está siendo utilizado por algún programa es muy probable que sea porque lo necesite tener siempre abierto, aunque generalmente ésto no es así ya que los programas suelen cerrar el archivo después de añadir, modificar o borrar información/datos, pero también hay otros programas como el que nos comentas que lo tiene al archivo siempre abierto y para Windows y otros programas, ese archivo está en uso por el simple y sólo hecho de que un programa lo tenga abierto aunque no esté trabajando en él, es decir aunque no esté agregando, modificando o eliminando información.
Tenés que estar muy seguro de querer hacer eso porque cerrarlo así podes dañar el archivo, por ejemplo puede quedar vacío o con caracteres raros.
Saludos