En mi opinión está claro que lo que le está fallando no es el hardware sino el software. Osea es el sistema operativo el que está necesitando como el comer un buen formateo y una instalación limpia. Sería absurdo que después de tantos años de uso ahora se pretendiera clonar el disco a otro nuevo y mejor, pues con ello nos llevaríamos los viejos problemas de un sistema operativo a todas luces semi corrupto al nuevo disco.
En fin mi consejo es que en el nuevo disco hagas una instalación limpia de windows. Por mucho que lo pretendas los sistemas operativos no son eternos y mas tarde o mas temprano siempre necesitan instalarse de nuevo (sobre todo tratándose de windows). Así que resistirse es inútil y solo logras alargar la agonía de mil problemas raros e irresolubles, como el que te está dando por el simple echo de querer instalar un programa de clonado. Al final por mucho que luches vas a tener que hacer una instalación limpia de windows, así que cuanto antes mejor. Solo salva antes los archivos y configuraciones que no quieras perder y/o sea posible guardar y a formatear se a dicho jeje.
Saludos...
Songoku