El motivo por el que no he puesto Grub en la MBR es para evitar problemas. Leí por ahí que en el mejor de los casos había que reparar luego la MBR con el CD de Windows. Pero si me decía que va bien a la primera lo puedo poner en la MBR.
A ver... es que lo normal es instalar el gestor de arranque en el MBR ya que si lo instalas en las particiones luego no me extraña que tengas un lio de gestores...
GRUB2 reconoce sin problemas Windows 7 y te lo digo por propia experiencia (ya que yo tambien tengo W7 en una partición independiente).
Y si luego quieres eliminar GRUB2 para recuperar el gestor de arranque de Windows es tan fácil como sobrescribirlo via el CD de instalación de Windows o vía herramientas como Hirens BootCD.
Y digo que es facil porque: el proceso no es complicado , y porque esta documentado y tienes guías/manuales/tutoriales a patadas por la red.
Resumiendo, instala GRUB2 en el sector de arranque del disco duro (MBR) y no deberías tener más problemas.