Te voy a decir lo que hago yo cuando estoy aprendiendo algo nuevo en js:
Lleno todo de console.debug() console.warn() y console.info().
Parece una locura, pero asi seguis la ejecución paso a paso, o si estas mas canchero en js hace todo el con un json. Es la única forma de entender lo que estás haciendo, y no solo hacerlo funcionar
Si o si vas a necesitar un lenguaje de servidor, y PHP es la mejor opción por ser facil y universal. JS es mas que nada para el front-end.
Claro que también podes usar JS en el server con Node, pero para eso primero tenes que tener un dominio muy solido de JS.
Se puede hacer una aplicación web completa sin nada de JS, pero con JS solo del lado del cliente y sin programación en servidor no podrás hacer nada...
Yo te recomiendo que aprendas los básico de PHP 5 (5.3 o superior). Que uses siempre la librería mysqli y nunca mysql para conectarte a MySQL. Y que te acostumbres a programar Orientado a Objetos (POO). Una vez que domines eso aprendas lo básico de JS y ahí aprendas lo básico de jQuery, que es una librería JS que facilita mucho todo.
Es una mala configuración del servidor. Fijate que en la raíz de tu directorio web (www, htdocs o public_html) tenes una archivo .htaccess. Podrias postear aca el contenido del mismo?