¡Cómo logro tal colaboración?
No sé si por ahí alguien conozca un .txt u otro archivo que tenga solo binario y que se pueda hacerle funcionar en el SO.
eso no lo haces tu, son las reglas del sistema operativo.
en el caso de microsoft, los ejecutables son un arreglo de binarios dispuesto de tal forma, que según el formato PE, deben cumplir ciertos criterios para que el windows pueda reconocerlo como un .exe y ejecutarlo correctamente.
lo que tu pretendes es modificar el contenido de un binario sin violar las reglas del formato PE, y para ello se requiere de altos conocimientos de varias cosas (SO, lenguaje C, windows) y aún asi creo que es bastante dificil poder reconstruir un binario para que haga otras cosas aparte de las que fue diseñado.
es preferible, poseer el código fuente, hacer las modificacioes y recompilar.