Querrás decir Wise 'Disk' Cleaner. Tal vez lo habré usado una vez en toda mi vida y nunca más, la verdad es que no lo recuerdo. Pero de todas formas para mi no hay nada mejor que usar CCleaner con CCEnhancer (WinApp2.Ini) y adicionalmente reglas personales definidas. No creo que exista un limpiador que abarque tal abrumadora cantidad de productos de software de terceros para hacer detecciones de sus archivos temporales (y no tan temporales).

En las opciones del programa puedes marcar todas las áreas de análisis del registro de Windows sin preocuparte. Así como lo tengo yo. Ten especial cuidado con marcar el área "Image File Execution" en caso de que tengas algún hijack benigno activado (un reemplazo del notepad.exe, o del taskmgr.exe, etc). Siempre puedes añadir la clave que quieras a la lista de exclusiones para que el programa la ignore.

La mayoría de conflictos al limpiar el registro suelen ser por claves vacías o que apuntan a datos huérfanos, valores que apuntan a cosas que ya no están presentes en el PC o en el registro de Windows, como por ejemplo un archivo de fuente de texto eliminada, o asociaciones a identificadores de clase (CLSIDS) que ya no están definidas en el registro tras la desinstalación de un software. Así que en general no hay que revisar ni preocuparse mucho por lo que el programa vaya a borrar, pero es una buena práctica hacer una pequeña revisión antes de borrar nada.

En torno al resto de opciones del limpiador del registro, como las copias de seguridad automáticas y/o el punto de restauración antes de modificar el registro para limpiarlo, y la lista de exclusiones, eso ya depende del uso que le quieras dar al programa, pero no afecta a su efectividad.

---

Si lo que me estás preguntando es qué marcar en las casillas disponibles dentro de la pestaña "System Tuneup", es complicado decirte, ya que depende de lo que tú quieras y no quieras tener activado. Yo tengo mi propio sistema para optimizar todo eso, así que este apartado o funcionalidad del programa no lo utilizo.

No te pongas a activar casillas si no entiendes lo que se va a "optimizar". Ni siquiera utilices la configuración recomendada por el Wise Registry Cleaner. Hay cosas que a mi me me resulta indispensables dejarlas de cierta forma, como por ejemplo no hacer un reinicio automático al producirse un blue-screen, no iniciar varias instancias del explorer.exe al mismo tiempo, y no matar automáticamente aplicaciones que no respondan, entre otras cosas, pero el Wise Registry Cleaner considera que tener todas esas cosas así, es una configuración "no óptima".

Por lo general en el Wise Registry Cleaner siempre deberías querer "optimizar" todas las casillas de las secciones "SSD Optimize" y "Network SpeedUp", pero en general recomiendo alejarse o al menos utilizar con mucha consciencia y cuidado cualquier funcionalidad de tweaking y system fine-tuning en este tipo de programas. Incluso entre este tipo de programas hay conflictos por que un programa considera que algo es óptimo y otros programas consideran lo contrario. Y es que la mayoría de "optimizaciones" simplemente consisten en preferencias personales para activar y desactivar características del sistema operativo.

Como alternativa gratuita (de código abierto) para tweking del sistema, enfocado a características de privacidad y seguridad, te sugiero PrivacySexy: https://github.com/undergroundwires/privacy.sexy
El programa genera un script (híbrido de batch y powershell), por lo que puedes examinar las modificaciones exactas del registro de Windows que se realizarían en tu sistema antes de aplicar los cambios.

Para un tweking de aspectos estéticos (y no tan estéticos) sobre Windows, te sugeriría Winaero Tweaker: https://winaero.com/winaero-tweaker/#download
Lo recomiendo tanto por el nivel de personalización que ofrece para cada tweak o ajuste estético, como también por la previsualización para muchos de esos tweaks, así sabes como quedaría el aspecto de algo antes de aplicar la modificación.

Un saludo.