Bueno vamos a probar lo siguiente, porque si no funciona se necesita saber el porqué y para eso necesitamos saber si el ejecutable muestra algún error en la ejecución de instrucciones.
Al código de tu script reemplazalo por éste:
REG ADD "HKLM\SOFTWARE\MICROSOFT\SISTEMA CONTABLE\@My profile" /v SelectedServer /t REG_SZ /d C:\update /f
pause>nul
ahora prueba a convertirlo a exe y ejecutalo y luego haz una captura de pantalla de lo que te pueda mostrar la consola, y esa captura subela a algun sitio web para subir imágenes y posteala en el foro asi vemos que error te está dando.
Saludos