Solo mi humilde opinion que puede ser muy limitada
Siempre he considerado a SQLite como una DB perfecta para aplicaciones de escritorio mas que nada, por el hecho de ser tan portable su API sin necesidad de ir instalando librerias y clientes en otros PC's para ejecutar tu aplicacion.
Ahora, hablas de guardar la info de la base de datos en ficheros... pero en la vida real, la mayoria sino es que todas las bases de datos relacionales guardan su info en ficheros fisicos
lo que ocurre es que en el caso de SQLite te guarda todo en 1 solo ficherito, sin embargo otras base de datos mas profesionales te subdividen los archivos en indices, data, etc.. para tener un mejor manejo de los mismos a la hora de realizar una consulta. (Por ejemplo MySQL tiene la facilidad de buscar datos guiandose nada mas del fichero de indices). Sin embargo SQLite como guarda todo en 1 solo fichero fisico (todo es data y indices) puede resultar la situacion que lea mas informacion para llegar al objetivo final porque el ficherito tiene mas info (Aunque esto mismo aplica para MySQL con sus archivos de InnoDB)
Tienes que pensar en grande, cual es el objetivo de tu proyecto??? crecera??? se quedara estancando??? Ten pendiente que otra bases de datos te facilitan muchas cosas que a lo mejor SQLite no, como es la distribucion de carga en memoria distribuida en distintos servidores, la posibilidad de tener un maestro y un esclavo, entre otras cosas. Tu lo que debes es perfilarte... mi proyecto crecera???? porque ten en cuenta que si un dia crece y tienes que movilizarte a un hosting decente en linea, no todos los hostings facilitan ni proveen SQLite y al menos que busques uno dedicado y puedes aduenarte entrar he instalar SQLite para que tu proyecto funcione.
Radicara mucho en el proposito final de tu proyecto, SQLite es bueno muy bueno para proyectos de no muy amplia escala, pero para proyectos de escala amplias o en crecimiento, si deberias considerar una base de datos mas amplia y con mas funcionalidades...
Aunque es solo mi opinion
Un saludito.