No puedes coger una placa base con un procesador y conectarle una pantalla (ej:LCD), una cosa es que hagas una aplicacion para ordenador y controles un hardware externo mediante usb o com/LPT o lo que planteas que no lo veo viable.
Los SO estan preparados para ir con el "PC" que actualmente conocemos y con el hardware comercial.
Sigo sin entender bien bien lo que quieres hacer, pero lo que te aseguro es que no puedes coger un procesador de un ordenador, un dico duro con un SO y conectarlo una pantalla LCD pequeña.
Tu aplicación debe ser diseñada de 0, hay microprocesadores muy potentes, pero no pueden ejecutar SO como linux,win,mac...