No pude poner el NOT_NULL no se donde tengo que ir para eso.
Creo que tu tabla tiene problemas de definición, ejecuta un DESCRIBE nombrdelatabla; y peganos el resultado para ver porque no está incrementando los valores de manera automática.
Me salió esto..
Field | Type | Null | Key | Default | Extra
id | int(50) | NO | PRI | NULL | auto_increment
nombre | varchar(25) | YES | NULL
apellido | varchar(25) | YES | NULL
email | varchar(200) | YES | NULL
contrasena | varchar(200) | YES | NULL