Te ocupan tanto porque no comprimes ni el video ni el audio con ningún codec.
En la pestaña Video tienes que seleccionar "Copia Directa", en la pestaña Audio también selecciona "Copia Directa", aunque eso sí, asegurate de que ese trozo que has cortado tiene audio.
O bien en la web de Songoku encontrarás un tutorial de como cortar avi con el Virtualdub:
http://usuarios.lycos.es/lawebdesongokuCualquier duda coméntala.
Saludos