Buen dato, no habia caido en ello

Si te refieres a la posibilidad de añadir efectos, transiciones, audio de fondo, etc... y que sea como tu dices bueno, libre y gratuito, entonces el Windows Movie Maker 2. Es muy sencillo e ideal para empezar.
Otros serían el Premiere, Pinacle Studio, Intervideo WinDVD Creator....

En VCD solo podrás grabar 80 minutos de película, si dura más no podrás grabarla en un solo CD como VCD, tendrías que pasarla a CVCD.

Puedes utilizar el auto Gordian Knot y pasar a mpg con el TMPGEnc o el Canopus Procoder 1.5.
Aquí tienes el tutorial para pasar a CVCD con el Canopus:
http://foro.elhacker.net/index.php/topic,19502.0.html

Aquí tienes el tutorial del Moviejack:
http://foro.elhacker.net/index.php/topic,16773.0.html

El Movie Maker sí que es de lo más sencillo.
También está el Pinacle Studio, el Intervideo WinDVD Creator.

El de web de Songoku http://www.lawebdegoku.miarroba.com encontrarás un tutorial para cortar o unir MPG con el TMPGEnc.

Sigues sin dar datos del mpg....
Si puedes reproducir el video mira de capturarlo con el Camtasia, Songoku o Sourraund te podrán ayudar mejor:
http://foro.elhacker.net/index.php/topic,36780.0.html

Ni con el Nero Vision Express? Que error te da exactamente?
El video puedes reproducirlo? Podrias confirmar si es un mpeg-1 o mpeg-2 y la resolución.

Podrias dar más datos del mpg, si es mpeg-1 o mpeg-2 y que resolución tiene. Con el Avi & Mpeg Info podrás saber esta información.
Has intentado grabarlo con el Nero? en un CD o un DVD?
Si fuera un mpeg-1 y resolución 352x288 (para PAL) o 352x240 (para NTSC) podrás grabarlo en un CD utilizando la opción de grabar CD de Video o Video-CD (VCD) o también en un DVD utilizando la opción de grabar DVD de Video.
Si fuera un mpeg-2 y resolución 480x576 (para PAL) o 480x480 (para NTSC) podrás grabarlo en un CD utilizando la opción de grabar CD de SuperVideo o Supervideo-CD (SVCD).
Si fuera un mpeg-2 y resolución 720x576 (PAL) o 720x480 (NTSC) podrás grabarlo en un DVD, opción DVD de Video, con el Nero Vision Express.

En el caso de que fuera un VCD, con el Nero prueba desactivando la casilla de "Crear Conforme al Standard".

Si aun así tuvieras problemas podrías volver a codificar la pelicula a mpg con el TMPGEnc o el Canopus Procoder.
O bien prueba con el Nero Vision Express tanto si quisieras grabarlo en un CD como en un DVD.

Pues ni idea la verdad.
Lo unico que se me ocurre es que utilices alguno de edicion y vayas arrastrando el que quieras en cada momento, antes de que finalice uno, le añades el siguiente con una transicion. Lo que me imagino que deberías tener otro monitor conectado o bien la tv para previsualizar los videos y el que tu utilizarias para ir montandolos.

Uno muy bueno y complicadillo es el Adobe Premiere. Hay otros buenisimos como el Pinacle Studio, más sencillo. El Intervideo WinDVD creator, el Movie Maker 2.
Para empezar por algo sencillo sencillo el Movie Maker.