Mira este link, justo al principio, y configura el TMPGEnc tal y como dice:
http://foro.elhacker.net/index.php/topic,20144.0.html

Puedes hacer una cosa, descomprimir primero el audio de todos los videos y luego unirlos, lo malo es que se va a duplicar el peso de cada video. Con el Virtualdub, en la pestaña Video seleccionas Copia Directa, en la pestaña Audio selecciona Modo Proceso Completo y guarda el archivo. Luego los unes siguiendo el tutorial y comprimiendo el audio para que no te ocupe demasiado espacio.

Pero tienes espacio suficiente en el disco duro? porque da igual la carpeta de los archivos temporales si no tienes espacio suficiente, miralo a ver.

Con que programa has intentado pasarlos a mpeg-2 y cuando es que se cuelga? aqui no entiendo que quieres decir.

Prueba esta otra opción, el TMPGEnc para pasar a mpg y el TMPGEnc DVD Author para crear el menu y grabarlo en un DVD.

Vas a grabarla en un CD, no? si es así mira este tutorial y siguelo al pie de la letra, necesitarás el Canopus Procoder, bajate la versión 1.5 que es la que recomiendan aquí siempre, no la versión 2:
http://foro.elhacker.net/index.php/topic,19502.0.html

Si vas a hacer la autoria del DVD con el TMPGEnc DVD Author no hace falta que los unas, ya que podras cargar el video y el audio por separado.
De todas formas, siguiendo el Project Wizard del TMPGEnc, justo en la última pantalla, hay una casilla que pone "Output video and audio as individual elementary streams", si la casilla no está activada te va a crear un solo archivo, mpg. Si la casilla está activada te va a crear dos archivos, video y audio por separado.

Para los DVDs prueba con el Nero Vision Express, que te aceptará los avi, mpg, etc...
Cuando grabas los VCD utilizas el Nero Burning Room? o el Nero Express? es que si usas el Nero Express deberías desactivar una casilla que dice Activar Menu VCD. Utiliza mejor el Nero Burning Room.
De todas formas prueba bajando la velocidad de grabación cuando grabes el VCD.

Si los videos son avi puedes unirlos con el Virtualdub.
Si están en mpg puedes hacerlo con el TMPGEnc.
Aquí encontrarás un tutorial de cada programa:
http://www.lawebdegoku.miarroba.com

Mira esta cita de songoku:

Con mpeg1 se que se puede, ya que he editado. Pero he probado con un mpeg-2 y me ha permitido importar pero no editar, a la hora de arrastrar el clip a la parte de edición me ha dado un error el programa y se ha cerrado. Lo que claro, no se si el problemas es mio o si es que no se puede. Lo mejor es que hagas una pequeña prueba con un video a ver si a ti te permite editar y nos los comentas, para salir de dudas.

Mira este post, pusieron algunas webs donde encontrarás subtítulos:
http://foro.elhacker.net/index.php/topic,89141.msg418467.html#msg418467

Para insertarlos puedes hacerlo con el Virtualdub, aquí tienes un tutorial:
http://foro.elhacker.net/index.php/topic,21841.0.html