Mi recomendación sería que cargarás la pelicula con el Virtualdubmod. En Video selecciona Copia Directa o Direct Stream Copy. Y en Audio Modo Proceso Completo o Full Processing Mode.
De este modo obtendrás un avi que pesará bastante, puede que 1'5GB más o menos, pero con el audio descomprimido. Asegurate que esta bien sincronizado audio-video y pasalo a mpg con el TMPGEnc. Una vez lo tengas en mpg correctamente ya podrás eliminar el avi tan pesado.
Dinos si te ha servido de algo.