En la web de Songoku encontrarás un tutorial para cortar y unir MPG con el TMPGEnc:
http://lawebdegoku.miarroba.com

De todas formas, prueba antes si ese video te cabe en un sólo CD, con el Nero Burning Room, la opción CD de Video o Video-CD, y desactivando la casilla "Crear conforme al standart".

No hay de que Igsox 

No se decirte cual es el mejor reproductor, creo que eso depende de cada uno, personalmente el que más utilizo es el Windows Media Player o el PowerDVD, es algo más de cuestión de gustos, comodidad.

Saludos

De buenas a primeras diría que es porque no tienes el codec de audio ac3 Filter instalado. Como primera solución te recomiendo que lo instales. Lo puedes encontrar aquí:
http://www.mundodivx.com/descargas.php?id=22

De todas formas, con programas como el Gspot o el Avi&Mpeg info, podrás averiguar con que codecs de audio y video está comprimido el video, y también si los tienes instalados o no.

Podrías hacerlo con el DVD Lab Pro.
Aquí tienes un tutorial:
http://www.mundodivx.com/dvd/dvdlabpro.php?p=1

Para quitarle el audio puedes utilizar el Virtualdubmod, pueds bajarlo de aqui:
http://www.mundodivx.com/descargas.php?id=17

Cargas el video, en la pestaña VIDEO selecciona la opción "Direct Stream Copy".
En la pestaña STREAM ve a la opción "Stream List", verás que hay 2 pistas de audio, selecciona una de ellas y le das al boton Disable. Y guarda el avi.
Prueba procesando un trocito de video solo para confirmar si has quitado el audio correcto.

Con el Besweet podrás pasar el audio a mp2, wav, ac3,.... Pero necesitarás el plug-in VOBInput.dll para que el Besweet te soporte el AVI. Lo puedes descargar de aqui:
http://besweet.notrace.dk

Ya cuando vayas a pasarlo a mpg cargas el avi y el audio que hayas obtenido.

De todas formas el Canopus Procoder soporta el audio en ac3.

Pues no se a que te refieres exactamente con lo de GH.
O te refieres a este efecto que se va difuminando?, fijate en el gif:

Puede que te sirva el Win Morph:
http://www.debugmode.com/winmorph

El Windows Movie Maker tiene el efecto de color sepia, el Premiere si lo tiene lo desconozco. Supongo que jugando con los colores podrías conseguir algo similar.

En la pantalla principal, dale boton LOAD, tienes que cargar la plantilla unlock.mcf, ajustas los parametros como quieras y le das al boton SAVE para guardar la plantilla.