Para quitarle el audio puedes utilizar el Virtualdubmod, pueds bajarlo de aqui:
http://www.mundodivx.com/descargas.php?id=17

Cargas el video, en la pestaña VIDEO selecciona la opción "Direct Stream Copy".
En la pestaña STREAM ve a la opción "Stream List", verás que hay 2 pistas de audio, selecciona una de ellas y le das al boton Disable. Y guarda el avi.
Prueba procesando un trocito de video solo para confirmar si has quitado el audio correcto.