El mismo mysql te puede hechar una mano para saber que consultan cuestan mas. En el fichero /etc/my.conf puedes añadir estas dos líneas.
long_query_time=1
log-slow-queries=/var/log/mysql/log-slow-queries.log
La consultas que cuesten mas de un segundo se guardarán en ese log.
También puedes hacer lo siguiente por consola de mysql para saber que procesos hay y cuales se quedan colgados y cuanto tiempo llevan.
Si lo quieres ver como un htop puedes ejecutar este comando para ver lo mismo que el show pero en tiempo real y con mas datos. Este comando directamente por consola bash.
Suerte.