, ademas de que cuando arranco con el liveUSB de linux o con el disco de instalación no aparece este problema,
Pues con más razón aún, puede que el problema proviene del SSD o HDD,
ya que cuando inicias con live/USB, o disco de instalación, están actuando como prioridad de arranque,
desactivando temporalmente el SSD o HDD.
Comprueba bien las conexiones de los cables de: Corriente y SATA de las unidades,
o incluso intercambiando los puertos SATA de la placa base (sata0, sata1,sata2, etc, etc...)
También puedes entrar en BIOS y cambiar como primera prioridad de arranque la unidad SSD,
Yo lo suelo hacer siempre después de instalar el sistema (arrancará más rápido)
1º SSD/HDD
2º Unidad lectora CD/DVD