Que Yo sepa, sólo se puede hacer con las versiones de Win8 en adelante.

Con Win7 lo he intentado y NO me ha funcionado, aunque tengo que decir que sólo lo he probado con puertos 2.0
No sé si te funcionará con puertos 3.0 y carcasas para 3.0.

Las ventajas e inconvenientes entre Win7, y Win8;

- Win8 tiene la ventaja de que te arrancará en varios ordenadores independientemente de los drivers que tengan,
ya que tiene la función de un Windows para llevar y conectar en distintos equipos,
con la desventaja de que dependiendo del tipo de procesador sea compatible con PAE, NX y SSE2.

- Win7 puede tener la ventaja de arrancar "desde cualquier procesador decente" (en caso de que funcionara),
con la desventaja que sólo sería compatible con el equipo donde se haya efectuado la instalación (por el tema de drivers).

Por otra parte, la diferencia entre efectuar la instalación de "Windows To Go"manualmente es más rápida que utilizando la herramienta Win To USB,
además de que puedes tener acceso a los demás discos existentes en el equipo.

Hola.

¿Has probado con otra tarjeta gráfica, o con la integrada (si tuviera)?

Puedes usar Windows 8/8.1/10 como Windows To Go

Aquí tienes un tutorial de como hacerlo → http://foro.elhacker.net/windows/tutorial_instalar_windows_to_go-t412710.0.html

También puedes usar ésta herramienta → WinToUSB

Hola.

Otras posibilidades aparte de las ya mencionadas,
es utilizar la partición de recuperación "Recovery" (si existiera),
o implementar la imagen del sistema desde otro ordenador utilizando Windows AIK,
para que haga una instalación automatizada.

Hola.

Puede que la lectora sea conexión IDE, en vez de SATA,
y W8 a veces NO reconoce el registro.

Prueba a hacer lo siguiente:

Abre el símbolo del sistema como administrador,
a continuación pegas el siguiente comando,
y presionas "Enter"




Reinicias y listo.

Hola.

Todas las particiones de las que hablas son importantes, y NO deberías de eliminarlas.

En mi opinión, déjalo como está, y sigue iniciando Linux desde el USB.


Saludos.

Hola.

Si se trata de Win8 puede que arranque,
y digo puede porque hablas de un disco de 3.5 que supongo que tiene alimentación externa.

En los discos externos de 2.5 con Win8 te puedo asegurar que SI funciona.

Hola Daniel.....

Cuando te salga ese mensaje de; "no encontró ningún controlador",
saca el medio de instalación (DVD, o pendrive), y lo vuelves a meter,
sin apagar el ordenador.


Saludos.

Me alegro que lo hayas solucionado  

Si quieres puedes mirar el estado de salud de los discos duros con CrystaDiskInfo,
a lo mejor tiene algún sector defectuoso.

http://crystalmark.info/download/index-e.html


Saludos.

Hola.

Puedes probar a desconectar físicamente los Discos duros de 2TB y 256GB, para ver si te sigue pasando.

Si continua tardando, no sabemos el modelo de tu placa base,
para saber si tiene Fast Boot y deshabilitarlo.