Primero que nada aclarar que estas hablando de MS-DOS (otros S.O. y formatos de ejecutable trabajan de otra manera).
Si es un .COM, es decir un ejecutable puro que contiene pura y exclusivamente instrucciones sin ninguna cabecera la ejecucion arranca exactamente en el primer byte del archivo (estas instrucciones, que son el ejecutable en el archivo, en TODOS los casos son previamente cargadas en memoria para que las pueda ejecutar el procesador).
Si es un .exe para MS-DOS la ejecucion arranca en el IP especificado.