Hace meses que investigue acerca de ello y di con una posible solución, lo malo que dejé de investigar y me metí con AVs y anti-rootkits. Existen varios tipos de redes p2p: la centralizada y descentralizada. Como bien sabras la centralizada depende de un servidor o servidores centrales cuya tarea es poner en contacto a los nodos o peers de la misma red entre ellos mismos. Al solicitar un archivo, el servidor central devuelve una respuesta con los nodos disponibles para el intercambio.
Por otra parte, la descentralizada carece de una centralidad por lo que se utilizan varias técnicas: hardcoding de IPs de los peers, algoritmos de generación de DNS para descargar la list de los nodes y al momento cambiar a otro nombre de dominio, apoderarse de servidores para almacenar las node list. Según lo que estés desarrollando te valdrá una u otra, si es un cliente p2p no malicioso te da igual cual usar, pero si es malware, no te vale con dejar rastro hardcoded ni algoritmos engorrosos facilmente reversibles... aunque con una buena programación + virtualización del code...
Ten en cuenta que la TakeDown, que es el proceso que define la desmantelación de la red p2p, es siempre efectiva si se llega a entender el proceso de bootstraping empleado, ya que si no alcanzas los nodos vecinos no podras realizar un intercambio efectivo. A eso añadirle que también pueden tumbar los nodes que hacen de commanders, aquellos que mandan las ordenes al resto de peers (relación pull-push), todo esto destripando y entendiendo el protocolo de comunicación empleado, así que una contramedida muy buena sería la criptografía para anular el análisis de tráfico de red, y desviarlo al análisis del software.
Hasta ahora solo hay una botnet p2p que ha resistido en pie durante 4 años, aunque su volumen de infecciones no es tan alarmante, los analistas exponen que el proceso empleado en el bootstrap se realiza mediante la red Kad (eMule), donde están almacenadas las node list, cifradas. Nadie va a tumbar la red kad, y si a esto le añades un buen proceso para localizar dichas node-list, gualá, grano en el culo que te llevas
Saludos!