He leido masomenos lo que necesitas y los comentarios y puedo decirte un par de cosas:
1.- Las bases de datos se rigen bajo un mismo principio, ya sea a pequeña escala o a grande escala.
2.- Sobre si es recomendable usar claves foraneas en primarias, te digo una cosa, la claves van a ir comunmente donde sean necesarias.
3.- Tambien estan los indices para mejorar el rendimiento de las bases de datos.
Segun veo y entiendo de lo que lei sobre tus problemas, siento que te has saltado algunos pasos para el diseño de una base de datos.
Es que realmente cuando realizas tus diagramas de la base de datos, la normalizacion de las tablas, creeme que te arroja los resultados a las dudas que tienes.
Esto que te digo es en buen plan amigo, pero creeme que toda la teoria que se enseña para diseñar las bases de datos es mas que util ademas de necesaria para no perderte.
Tal vez no te ayude mi respuesta, bero bueno jeje
Saludos y suerte colega.