Con SQL puedes hacer búsquedas más rápidas, guardar más datos que solo eses. En fin, lo que es una base de datos relacional.

Además, mayor velocidad en consultas grandes por lo general.

Si encuentras un elemento de cierre ], ) o }, entonces justo antes debe haber el mismo elemento, pero de apertura: [, ( o { respectivamente.
Si encontramos uno de cierre, entonces en la la cima de la pila, ha de estar el de apertura.

Con el segundo if, compruebas que esté el de apertura. Si no está, es que hay algo incorrecto.

¿SQL?

No me pareció ver nada relevante, salvo que usas siempre calloc. calloc es lo mismo que malloc, solo que inicializa la memoria a 0. Salvo que realmente lo necesites, te recomendaría usar malloc.

What about la fuente por defecto? e.e

Estos Linuxeros...
Si el tema es quejarse :p

Si lo que quieres es ordenar la lista que ya tienes, puedes aplicar el algoritmo de burbuja directamente en la lista, sin pasar por un array intermedio. El procedimiento es el mismo, cambiando índices por iteradores (struct _agenda* en tu caso).

El que te sea más cómodo. Mira los métodos que te aporta cada uno, y mira cual prefieres.

Ambos sirven. Sin embargo, yo te recomiendo *. Al fin y al cabo, es un puntero. Lo tratas como puntero al principio, así que está bien mantener la coherencia.

Echa un ojo aquí: https://msdn.microsoft.com/es-es/library/system.io.streamreader.readline(v=vs.110).aspx