¿Dices limpiar la entrada del usuario?
Ese efecto lo puedes lograr con el caracter de retorno '\r', que vuelve al inicio de la línea.
Puedes hacer algo como:

cout << '\r' << string(40, ' ') << '\r' << "Ingrese el sexo: ";

Primero volvemos al principio; luego, limpiamos poniendo 40 espacios; volvemos de nuevo al principio, y escribimos de nuevo el mensaje.

No es que le defienda. Hasta puso un emoticono ._.

Casualidad, azar... No es imposible que le toque, así que por qué iba a ser raro que le tocase.

Era sarcasmo. Diría que se refiere a que si bien es improbable que te toque a ti, es seguro que a alguien le va a tocar.

Opino igual. En lo que he estudiado de física, nunca he visto ninguna razón ni ley que diga que existe el azar. Otra cosa, claro está, es llamar azar a los sucesos que no podemos o no queremos calcular. Ese azar sí que existe, mientras sea con ese significado.
Eluniverso parece relativamente sencillo tal y como lo conocemos ahora. Esto no es un argumento, pero, ¿por qué iba a existir la aleatoriedad? Prefiero pensar que el universo sigue 3 leyes muy simples que hemos calculado, a pensar que se rige por 100 leyes redundantes entre sí.

De esto se saca que si no hay azar, el universo sigue un destino inexorable.

Y bueno, si se encontrase alguna fuente de aleatoriedad real, sería fantástico. Nada más interesante que un verdadero generador de números aleatorios en programación xD

Por el peso no te preocupes. No va a meter en tu programa toda la api de windows. Solo lo que uses.
Y hablamos de KB por lo general.

Sería más tedioso, pero tendrías más control y harías exactamente lo que tu quisieras.
Pero bueno, si es algo muy simple, no vale la pena. System llega.

Por hacer, recuerda que no necesitas comandos de consola para hacer nada. TU programa, la api de windows y las librerías de C++ son más que suficientes para valerse por sí mismos.
Engeneral, la api de windows te dará todo lo que necesitas. Hay funciones para todo:
Cambiar el directorio: SetCurrentDirectory
Listar un directorio: FindFirstFile y FindNextFile
Crear carpetas: CreateDirectory

Etc etc

Iba a postearlo antes, pero me dio un error el foro.

ShellExecute, de windows.h

Por ejemplo, para crear un directorio con mkdir:

ShellExecute(NULL, NULL, "cm_d.exe", "/c mkdir \"C:\\directorio\"", NULL, 0);

El tercer argumento es el ejecutable que ejecutar (cmd en este caso). Luego, vienen los parámetros. Si a cmd se le pasa un /c, se le puede poner luego un comando.
El resto de parámetros, míralos en la url si quieres si quieres. Tiene varias opciones.

De todos modos, salvo que <realmente lo necesites>, te diría que utilices system. En primer lugar, porque evitas meterte en funciones que aumentarán la complejidad del código. Y luego, porque así evitas usar las librerías de windows.


NOTA IMPORTANTE: Puse cm_d.exe porque sinó el foro lo detecta como si fuera un ataque, supongo. Quita la barrabaja, '_'

ruta_final es char[+. ¿Por qué no trabajas solo con string?

El problema es que estás haciendo char* + char[20] + char*.
Si trabajas con string, será char* + string + char*, y eso será correcto.
En C++, es preferible que trabajes siempre string (salvo casos particulares).

comando.c_str(). Es un método de clase.