Eso es absurdo pues si los parametros de salida son los mismos que los de entrada entonces NO HEMOS ECHO NADA. Vamos que se trata del mismo archivo.
Como ya te digo los programas no pueden adivinar lo que tu quieres hacer asi que debes tu configurarles a tal fin.
Obviamente cambiando el codec de salida. Dime tu donde esta la diferencia entre que primero lea mediante un programa las caracteristicas del video y las traslade a un conversor o que el propio conversor las lea y las utilice como parametros. Logicamente utilizando el codec que quieras.
Aqui te dejo un programa que te puede ser muy util. Yo mismo lo utilizo y me encanta porque es una virgueria de programa, hace muchas cosas y es facil de utilizar.
El programa se llama SUPER, aqui tienes el link de descarga del programa:
http://download.freewarefiles.com/files/SUPERsetup.exeHace lo que tu pides, no te varia ni la altura ni la anchura del video pero si el bitrate. Te puedes encontrar de que a veces te suba el tamaño y otras que te los baje. Es en ingles pero con un poco de practica veras que es sencillo. No requiere licencia, es totalmente gratis y la calidad no la suele perder.
Voy a probarlo. Ahora te dire.