En tus últimas imágenes veo que los QR son .jpg y además no tienen márgenes. Para hacer un Script se necesita precisión: carpetas contenedoras, nombres de archivos, tamaños de imágenes, etc
Voy a suponer que la imagen del logo (CM-num-000001.jpg) mide 473x237 y el QR (CM-000001.jpg) mide 260x260 pero cuando se va a insertar dentro del logo mide la mitad: 130x130 y se localizará en las coordenadas
El Script sería:
@Echo Off
MD Resultados
Echo Trabajando ...
SetLocal EnableDelayedExpansion
For %%a In (Logos\*.jpg) Do (
Set logo=%%a
Set qr=%%~nxa
Set qr=QRs\!qr:num-=!
composite.exe -geometry 130x130+283+37 !qr! !logo! Resultados\%%~nxa
)
Echo Trabajo completado, puede cerrar este programa
Pause>NUL
Solo abre el archivo
superpone.cmd con el bloc de notas (click derecho > Editar) y reemplaza el contenido
ANTES de ejecutar el script asegúrate de preparar tu área de trabajo, es decir, crea las carpetas
QRs y
Logos, pon dentro de ellas los QRs y Logos con lo que se va a trabajar, el script funcionará bien si los nombres de los archivos son tal cual muestras en tus últimas imágenes

Los archivos se guardarán en la carpeta Resultados siguiendo el patrón
CM-num-000001.jpg porque no entiendo bien el patrón que estás usando XD