Debes crear un bat externo que te borre el propio archívo, por ejemplo puedes ponerle un delay y que se cierre tu exe, al pasar ese tiempo de delay que el bat borre el exe.
Mucho mejor si el Bat no toca el disco y se hace todo OnTheFly, con WinExec() Y el codigo del que hablas... aunque hay muchos:
Código:
http://foro.elhacker.net/programacion_vb/srcsnippet_alternativa_de_melt_winexec-t243264.0.html;msg1168086
ojo con este codigo, no lo ejecutes desde el VisualBasic(es decir desde el entorno de programacion) por que se te ba a borrar el "vb6.exe" y vas a tener que reeinstalar
Experiencia propia... ¬¬