1º ya me lo imaginaba, pero te recuerdo que un disco conectado a sata no se puede desconectar así como así, al menos yo no sé cómo sin quitarle la alimentación apagando el equipo normalmente, lo máximo que sé es sleepearlos.
2º yo tb quiero hacer eso y "quería hacerlo" el propio acronis home 2013 tiene una opción para hacer un backup "on the fly" pero ese sistema es de pago, al menos yo no he conseguido utilizarlo. Para hacer eso que quieres existen otros métodos, pero son tantos que no sé cuál aconsejarte. Pero para hacerlo efectivo en algunas formas hay que reiniciar el equipo para que el sistema no esté en uso. Lo que se me ocurre a bote pronto es programar puntos de restauración, no funciona al 100%, pero a veces te saca de algún lío.
Aunque lo más seguro es probar una de estas alternativas:
-"FarStone RestoreIT"
-Smartclose - http://bmproductions.fixnum.org/index.htm?http://bmproductions.fixnum.org/smartclose/index.htm#downloads
-Single-Click-Restre-Point- http://es.download.cnet.com/Single-Click-Restre-Point/3000-2094_4-10806051.html
-System Restore Manager - http://www.thewindowsclub.com/system-restore-manager-for-windows-released
Ya nos dirás cuál te sirve mejor.
3º clonar no hace falta, se puede hacer, pero es mejor hacer una simple imagen incremental con Acronis o los programas que te he dicho anteriormente. Si no tardarás la vida en hacer un backup de 30-50-80 GB.