Cuando wget hace estas cosas es porque tu línea de comandos está errónea, sí para ciertas carpetas y archivos funcionan, pero para otros no. O hay algun archivo que por lo que sea no puede acceder.
Para dicho problemas las soluciones son:
1. Si quieres un directorio "Pon las direcciones web entre comillas"
2. Si quieres que te baje un archivo pon -O "nombrearchivo"
Hay miles de tutoriales con el uso de wget para descargar webs completas, mira si está aquí:
http://norfipc.com/internet/ejemplos-wget.html
Es un caso el tuyo para tirarse de los pelos, pero por ahora se me ocurre eso. Con wget me peleé mucho hace tiempo y muchas veces es una tontería o que se lo tienes que poner como a él le gusta porque funciona de una determinada forma. Si las demás carpetas te las hace bien, pero...piensa por qué falla justamente en esa? Que no tienen las demás que tenga esta en especial?
Saludos!!