Probablemente tu problema está relacionado con:
man mount
async All I/O to the filesystem should be done asynchronously. (See also the sync option.)
sync All I/O to the filesystem should be done synchronously. In the case of media with a limited number of write cycles (e.g. some flash drives), sync may cause life-cycle shortening.
man sync
sync - Synchronize cached writes to persistent storage
Desde un terminal ejecuta
sync antes de desmontar tu disco o usa la opción
sync al montarlo y sufre sus consecuencias. Por defecto debería estar utilizando
async, que hace que las operaciones sean asíncronas lo cual te puede llevar a engaño porque aunque cp dd o lo que sea diga que ha terminado de escribir no significa que tus datos están escritos en disco.
Saludos