...depura en esa parte, quizás tengas el problema ahí,
...
if(event.type == SDL_MOUSEMOTION)
{
int xPos,yPos,xMPosN,yMPosN;
if(bMouseClicked)
{
SDL_GetWindowPosition(window,&xPos,&yPos);
SDL_GetMouseState(&xMPosN,&yMPosN);
xPos+=xMPosN-xMPos; // Puede que sea por esta operación
yPos+=yMPosN-yMPos; // Puede que sea por esta operación
SDL_SetWindowPosition(window,xPos,yPos);
...
Si te funciona en otra plataforma entonces deberías crear una macro función que actúe en función de que plataforma por medio de las instrucciones condicionales de preprocesador #if etc...