Ahora yo también tengo el mismo problema
resulta que instalé los efectos extra de compiz-config y al reinicarlo todo estaba desconfigurado, no se veia ni el panel ni los iconos ni los bordes de la ventana...nada!!! así que tuve que restaurar la configuración del panel pero todos los efectos quedaron deshabilitados, leí una solución en otro foro que desinstalando todo lo que tiene que ver con compiz desde el gestor de paquetes y reinstalandolos quedó solucionado pero a mi no me funcionó
(puedes intentar eso RedZer) ya no se que más hacer la última opción sería reinstalar el Ubuntu pero espero no tener que formatear, hay alguna opción para eso?
Les agradezco su colaboración.