Cosa que deberia darle problemas en el disco duro y programas como los ya comentados HardDiskSentinel por ejemplo y/o CrystalDiskInfo deberia informar de susodicho problema, ya que el impacto seria errores y este software deberia informar (También comentado)
En el caso de que el disco duro (se desconectara) por unos segundos, ya sea por insuficiencia de energía algún problema con el controlador o lo que sea los susodichos programas no encontrarían el error no?
(También comentado) Puede probar con una Live CD antes y luego hacer una instalacion en todo caso, supongo y espero que al cambiar de placa base hiciera una instalacion limpia y no dejara la anterior instalacion con los drivers anteriores del otro equipo...
En teoría no debería pitar por un problema de drivers o software, pero no da información si sigue pitando, a lo mejor ya solucionó el problema de hardware y ahora el problema se encuentra en los drivers por no ajustar el sistema a los cambios del hardware.
Un saludo.