Como te indica el compañero una foto no vendría mal, la circulación del aire suele ir de alante hacia atrás , es decir si tienes ventiladores en el frontal del gabinete estés meten aire y los ventiladores traseros o superiores lo expulsan. Normalmente los disipadores se ponen con el ventilador mirando hacia la parte frontal de la caja ya que así coge el aire frío, lo pasa por el radiador del disipador y expulsa el aire caliente por atrás que es expulsado de la caja por el ventilador trasero. Aqui te dejo una foto de mi equipo con la circulacion de aire que le tengo:
Una duda, al desmontar y limpiar los ventiladores cambiaste la pasta térmica? Porque si la pasta se encuentra en mal estado, limpiar los ventiladores mejora la temperatura pero con el tiempo te volverá a ocurrir lo mismo. Lo del ventilador no es mala idea pero te recomendaría mejor una base refrigerada.
Hay un mundo de pastas térmicas, yo e probado la artic silver 5 , con la que hay que tener cuidado ya que es conductora y no me gustó mucho, ya que tarda algún tiempo en hacer efecto. Actualmente uso la artic mx4 y es una maravilla. El método de aplicado cada uno con sus gustos, yo utilizo el de la gota en el medio y que el propio disipador extienda la pasta, ya que si la extiendes tu mismo se pueden crear burbujas y bajar la eficacia de la disipación. Yo por costumbre cada año la cambio en todos mis equipos.
Con el vnc si te puedes conectar desde fuera de la LAN(necesitas abrir puertos me parece), deja poner una contraseña para que el usuario no pueda tocar y al momento de conectarte según recuerdo (donde hice el FP lo tenían en los pc) el user no se enteraba, como mucho un pequeño tirón . Eso sí una vez conectado tienes el control del equipo. La única pega es que es de pago