no hace falta que uses .htaccess, simplemente debes crear un subdominio user.miweb.com que tenga el DocumentRoot en la carpeta panel /var/www/html/panel
Si tienes muchos usuarios tendrás que crear un vhost para cada uno y una enrtrada dns, pero sería mejor crear una entrada dns *.miweb.com que apunte a una ip y un vhost basado en ip que siempre muestra el documentRoot de panel.