Dim mCheck(0) As CheckBox
 
    Private Sub UpdateArray()
        Array.Clear(mCheck, 0, mCheck.Length)
        Array.Resize(mCheck, 0)
    End Sub
 

Public Class Form1
    Dim mcheck(0) As CheckBox
    Private Sub CargarPropiedades()
        'Obtenemos la Lista de Enteros de los índices Checkados
        Dim ListaCheckados As Int32() = My.Settings.Valores
        For i As Int32 = 0 To mcheck.Length - 1 'Recorro los CheckBoxes
            For Each indiceCheckado As Int32 In ListaCheckados 'Por cada indice de CheckBoxes checkados
                'Como se los indices de los CheckBoxes checkados, accedo a éstos mediante el Array de los CheckBoxes
                'Ej -> indiceCheckado : 3 (CheckBox3) ;
                'Por lo tanto indiceCheckado - 1 = 2, mCheck(0) = check1, ... m(2) = CheckBox3
                'Es decir el índice N - 1 siempre corresponderá a CheckBoxN
                mcheck(indiceCheckado - 1).Checked = True
            Next
        Next
    End Sub
 
    Private Sub Form1_FormClosing(sender As Object, e As System.Windows.Forms.FormClosingEventArgs) Handles Me.FormClosing
        Dim mCheckados(0) As Int32 'matriz que guardará los indices de los CheckBoxes checkados
        Dim Cuantos As Int32 = 0 'cuantos CheckBoxes estan checkados
        For i As Int32 = 0 To mcheck.Length - 1 'Recorro los CheckBoxes en busca de Checkados
            If mcheck(i).Checked = True Then
                Cuantos += 1
                'Sumamos un indice por CheckBox checkado
                Array.Resize(mCheckados, Cuantos)
                mCheckados(Cuantos - 1) = i + 1 'metemos en el indice del Array el elemento Checkado (RECUERDA SE EMPIEZA DESDE 0)
                'Por eso lo de Cuantos - 1 (Si tienes 7 Checkados ira desde 0 hasta 6 ...)
            End If
        Next
        My.Settings.Valores = mCheckados 'Actualizamos la propiedades Int32()
        My.Settings.Save()
    End Sub
    Private Sub Form1_Load(sender As System.Object, e As System.EventArgs) Handles MyBase.Load
 
        For i As Int32 = 0 To 20
            Array.Resize(mcheck, i + 1)
            mcheck(i) = New CheckBox
            With mcheck(i)
                .Name = "CheckBox" & i + 1
                .Text = mcheck(i).Name
                .Location = New Point(40, i * 40)
            End With
            Me.Controls.Add(mcheck(i))
        Next
        CargarPropiedades()
    End Sub
End Class
 

' update checkboxes
    Public Sub updatecheckboxes()
        Dim filesystem = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
        Dim ThisDir = filesystem.GetFolder(My.Settings.folderpath)
        Dim i As Int32 = 0
        For Each folder In ThisDir.Subfolders
            mCheck(i) = New CheckBox()
            MessageBox.Show("test")
            Me.Panel1.Controls.Add(mCheck(i))
            With mCheck(i)
                .Name = "Checkbox" & i +1 'De esta forma sumas 1 y tendrás CheckBox1,2,3
                .Text = "CheckBox" & i+1 'Lo mismo para el nombre
                .Location = New Point(10, i * 20)
            End With
            AddHandler mCheck(i).CheckedChanged, AddressOf LlamadaCheckBox
            i = i + 1
            Array.Resize(mCheck, i)
        Next
        CargarPropiedad()
    End Sub

 
' update checkboxes
    Public Sub updatecheckboxes()
        Dim filesystem = CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
        Dim ThisDir = filesystem.GetFolder(My.Settings.folderpath)
        Dim i As Int32 = 0
        For Each folder In ThisDir.Subfolders
            mCheck(i) = New CheckBox()
            MessageBox.Show("test")
            Me.Panel1.Controls.Add(mCheck(i))
            With mCheck(i)
                .Name = "Checkbox" & i
                .Text = folder.Name
                .Location = New Point(10, i * 20)
            End With
            AddHandler mCheck(i).CheckedChanged, AddressOf LlamadaCheckBox
            i = i + 1
            Array.Resize(mCheck, i)
        Next
        CargarPropiedad()
    End Sub