Windows permite auditar el acceso a ficheros o carpetas:
Auditoría de acceso a archivos
https://docs.microsoft.com/es-es/windows-server/identity/solution-guides/scenario--file-access-auditing
Aplicar una directiva de auditoría básica a un archivo o una carpeta
https://docs.microsoft.com/es-es/windows/security/threat-protection/auditing/apply-a-basic-audit-policy-on-a-file-or-folder
También hay aplicaciones para monitorizar acceso a ficheros:
FolderChangesView
http://www.nirsoft.net/utils/folder_changes_view.html

