1- Solucion tanto facil como cutre
Utiliza la redireccion de entrada de consola de windows con un fichero. Te creas un fichero con la respuesta que espera 2jpeg (en este caso 1) y luego modificas tu linea de comandos para que tome la
entrada desde ese fichero algo como:
Código
system("2jpeg -src rutaInput -dst rutaOutput -jpeg mode:quality:100 < fichero.txt");
2- Solucion preferible
Usa CreateProcess/Pipes para poder redireccionar la entrada y/o salida de un child process
https://docs.microsoft.com/en-us/windows/win32/procthread/creating-a-child-process-with-redirected-input-and-output
Suerte!