1- Debes usar etiquetas de código en tu post o tu código directamente hará sangrar los ojos de los que intentamos leerlo
2- Este tipo de trabajos con ficheros se hace mas difícil en caso de no conocer o que los ficheros estén creados sin una estructura especifica ya que tienes que leer los ficheros como texto, manejar espacios, terminaciones de linea, divisores de datos...en fin. Lo ideal para este tipo de problemas, encima de que estas usando c (no se que tanto conozcas de estructuras de datos), es usar ficheros binarios con estructuras. Te creas la estructura que tendrán los ficheros y puedes leer y escribir en ellos con el mínimo esfuerzo.
Suerte