Los includes no pasa nada si son rutas relativas, pero los css, las imágenes y los JS los podrías poner absolutas...
Yo lo que suelo hacer es crear en mi archivo de configuración una variable llamada $base con el directorio base, es decir, en este foro sería algo así como:
$base = 'http://foro.elhacker.net/';
Aunque yo uso el modelo MVC así que realmente es
$config->set('base') = 'http://foro.elhacker.net/';
Pero vamos, el primer caso sirve.
Y luego en un js por ejemplo pones:
<script type="..." src="<?php echo $base; ?>"></script>
Eso es lo que hago YO.