Mira, si lo que quieres son resultados excelentes, A pesar de los programas que te puedan aconsejar los demás, yo personalmente he probado casi todos, pero desde que probé "
StaxRip" hace unos años no uso otro Si se trata solo de recomrimir...
dices que con el primero no tenias muchas opciones que elegir, pues StaxRip tieene de eso un rato y mas, además trae muchisimos presets para hacerte la vida más facil, y opciones para subtitulos y lo que necesites.
con el segundo dices que el tamaño del resultado era mayor que el del video original, pues con StaxRip no te fallará porque puedes calcular el tamaño si lo deseas.
Y con lo que dices en el tercer ejemplo pues... nunca me ha pasado xD así que con STaxRip no te pasará!!
A pesar de la multitud de opciones que trae, no se hace nada dificil de usar, por eso te lo recomiendo.
Al menos dale una oportunidad XD
http://sourceforge.net/projects/staxmedia/files/StaxRip%20beta/StaxRip_1.1.7.0_beta.7z/download