Depende de la arquitectura que tenga el ordenador. Si es arquitectura Power (la de IBM), probablemente lleve el Linux de IBM, que esta optimizado para esta arquitectura. Otras arquitecturas puede que lleven RedHat (he encontrado esto
http://investors.redhat.com/releasedetail.cfm?ReleaseID=356541 ). No creo que utilicen el núcleo y lo hagan modificaciones. Demasiado trabajo. Ya hay soluciones buenas. Debian, si no fuera porque no hay empresa detrás, seria mucho mas usado en supercomputacion. SUSE seguramente tambien sera usado...
Ya pero cuanto mas depurado este el SO puede suponer conseguir muchos más flops, estamos hablando de 98.304 procesadores Power BQC de 16 núcleos. De todas formas lo que más me impresiona es para que se va a utilizar toda esa tecnología...