Si la idea del contador es que funcione siempre y cuando mantengas la cuenta al abrir y cerrar el programa, lo que necesitas es algún modo de almacenarlo externamente. Si usas un contador en el programa, en memoria, se borrará ese dato al cerrar el programa.
Ahora bien, puedes usar otro archivo para guardar el dato de la cantidad de fichas (supongo que al hacer este ejercicio sabes algo de manejo de archivos). Entonces, al abrir el programa, deberás leer este archivo que contiene el contador y listo, empiezas de vuelta la cuenta desde donde quedaste la última vez.
Ahora bien, no entiendo exactamente lo que quieres lograr con esto:
while(! feof(fichero
)) //Leemos los datos que contiene al principio {
fgets(lineas
,25,fichero
); }