serapis tiene razón, quizás quieres clonar un disco que esta dañado y eso no va funcionar o te va dar incluso más problemas.
Es realmente sorprendente que tengas problema para "instalar programas" complementante normales que no deberían fallar de ninguna de las maneras, denotan que algo más falla.
Entonces es mejor hacer lo que dice, que el disco duro de origen esté correcto antes de hacer nada.
Y además basándose en su experiencia hemos visto algunos usuarios (que no digo que sea tu caso) que preguntan por cómo arreglar el problema de cierta manera, cuando la solución está muy lejos de la manera que ellos quieren arreglarlo.
Serapis y el resto de usuarios sólo pedimos un poquito más de información para poderte ayudar mejor. Falta información por tu parte, el modelo del duro disco que quieres clonar, el motivo de quererlo clonar, versión de Windows que utilizas, el disco SSD destino que quieres clonar, capacidades de los discos duros, etc.