¿Qué son muchísimas visitas? Recuerda que todo es relativo, y más que las visitas lo importante serán las consultas por segundo.
Este foro manda unas 200 consultas por segundo (hace tiempo que no lo miro) y si algunas tablas son InnoDB pero la mayoría son MyISAM. MyISAM lee mucho más rapido que InnoDB, con lo que convertir la tabla messages en InnoDB es un error.
SMF recomienda convertir algunas tablas a InnoDB y otras no, dependiendo del uso o si son tablas que normalmnte se leen más que se escriben.
Aunque lo realmente importante será optimizar-tunear el my.cnf los parámetros típicos del key buffer, etc, etc.
Ah!! y para buscar fulltext mejor usar Sphinx, como el foro, es mucho más rápido.
Herramientas para Optimizar MySQL
http://foro.elhacker.net/tutoriales_documentacion/herramientas_para_optimizar_mysql-t214396.0.html
¡Adiós Locking Tables!
http://foro.elhacker.net/desarrollo_web/iexcladios_locking_tables-t157260.0.html