Si, par asegún que cosas va más rápido. Recientemente se habló de las diferencias entre MyISAM e InnoDB en este mismo subforo:
InnoDB vs MyISAM en sitio web con importante cantidad de visitas
http://foro.elhacker.net/bases_de_datos/innodb_vs_myisam_en_sitio_web_con_importante_cantidad_de_visitas-t325508.0.html
De todas maneras te recomiendo usar optimizar el mysql, query_cache y otros valores son muy importantes para el rendimiento, a parte de los índices, etc, etc.