yo eso no lo se hacer en el canopus, para eso esta el tmpgenc (TMPGENC POWAAAA!! XDDDD)
primero haces todo en el tmpgenc, y antes de darle a start vas a archivo > guardar proyecto
y lo mismo con todas las pelis que quieras pasar
luego vas a archivo > codificiar lotes
y ahi añades los proyectos de las peliculas que quieras pasar
bueno si esto te sirve para hacerlo con el tmpgenc encantado, y si no esperaremos a alguno que sepa como hacerlo con el canopus

salu2