Lo que te quiere decir es que donde dice Run1=Autorun.exe es el ejecutable original y en Run2=autorun2.exe es donde pones tu otro ejecutable infectado.
Te puede parecer raro ejecutar 2 exe con un solo autorun, pero ese autorun no es un autorun normal, hace uso de AutoRunPro, que puedes encontrar para descargar en internet. Entonces el autorun.inf normal ejecuta AutoRunPro.exe (Que debes añadir a la ISO), luego AutoRunPro.exe vuelve a leer el archivo autorun.inf a partir de [AutorunPro].
Lo de la VPN no se si es posible lo que preguntas. En cuanto a la seguridad con una maquina virtual no puedes esperar mucha, porque el sistema anfitrión puede estar infectado, imagina que tienes un keylogger instalado, de que te sirve la maquina virtual? Si aun así deseas seguir usando una maquina virtual, utiliza el adaptador en modo puente, no en NAT.
Supongo que quieres decir Ubuntu 12.04. Si no recuerdo mal Ubuntu trae una utilidad para añadir impresoras buscala en la aplicaciones, simplemente debes darle a añadir nueva impresora, seleccionar la opción de impresora de red y la opción de samba. Hay te saldrá un botón para buscar las impresoras de la red, la seleccionas y por ultimo seleccionas el modelo para instalar el driver. Suerte