Bueno comentar que parcialmente he resuelto esto.
Lo que he hecho a sido que el firefox.desktop o cualquier otro lanzador de aplicación ejecute un script y en este caso el script es el siguiente:
#!/bin/bash
xfconf-query -c xfce4-panel -p /panels/panel-0/autohide -s true
firefox
xfconf-query -c xfce4-panel -p /panels/panel-0/autohide -s false
Cuando sea cerrado firefox volvera a aparecer el panel, prefiero que sea al estar maximizado pero no se como conseguirlo, igualmente espero que esto le sirva a más gente.
Quizá esto este mejor en el subforo GNU/Linux...