Por ahí va la cosa y cuando lo pongas, usa GeShi en modo bash  

package com.ficheros.foro;
 
import javax.swing.*;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.BufferedWriter;
import java.io.IOException;
import java.nio.charset.Charset;
import java.nio.file.Files;
import java.nio.file.Path;
import java.nio.file.Paths;
import java.time.LocalDate;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Objects;
import java.util.logging.Logger;
 
/**
 * autor @rub´n
 * https://foro.elhacker.net/java/ayuda_con_lectura_y_escritura_en_ficheros_java-t495247.0.html
 */
public class RelPerCen {
 
    private static final Logger LOGGER = Logger.getLogger(RelPerCen.class.getSimpleName());
    private static final String MATCHES = "|             |";
    private static final String REEMPLAZO = "|" + LocalDate.MIN.toString() + "|";
    private static final String REPLACE = "[\\]\\[]";
 
    public static List<String> leerFichero(final String nombre) {
        final List<String> list = new ArrayList<>();
        LOGGER.info("Raiz de proyecto" + Paths.get(".").toAbsolutePath().toString());
        try (final BufferedReader br = Files.newBufferedReader(Paths.get(nombre), Charset.defaultCharset())) {
            LOGGER.info("Leyendo el fichero de empleados\n");
            String line = "";
            final StringBuilder sb = new StringBuilder();
            while (Objects.nonNull(line = br.readLine())) {
               if (!line.contains(MATCHES)) {
                    final String s = line.replace(MATCHES, REEMPLAZO);
                    sb.append(s)
                            .append(System.lineSeparator());
                }
                if (line.contains(MATCHES)) {
                    final String s = line.replace(MATCHES, REEMPLAZO);
                    sb.append(s)
                            .append(System.lineSeparator());
                }
            }
            /**
             * Despues del while
             */
            list.add(sb.toString());
        } catch (IOException ex) {
            JOptionPane.showMessageDialog(null, "No existe el fichero");
            LOGGER.severe("No existe el fichero " + ex.toString());
        }
        return list;
    }
 
    public static void escribir(final List<String> empleado, final String nombreFichero) {
        try (final BufferedWriter bw = Files.newBufferedWriter(Paths.get(nombreFichero))) {
 
            bw.write(empleado.toString()
                    .replaceAll(REPLACE, ""));
 
        } catch (IOException ex) {
            LOGGER.severe("Error al escribir fichero " + ex.toString());
        }
    }
 
    public static void main(String... blablablablabla) {
        final RelPerCen r = new RelPerCen();
        /**
         * Leer el fichero completamente
         */
        final List<String> ficheroLiedo = r.leerFichero("ficheroEmpleados.txt");
        /**
         * Crear el fichero con las fechas de cese en LocalDate.MIN
         */
        r.escribir(ficheroLiedo, "ficheroEmpleadosConFechaDeCese.txt");
    }
}

Título: PERSONAL DEL CENTRO
Autor: Aplicación Séneca, CONSEJERÍA DE EDUCACIÓN Y DEPORTE, Junta de Andalucía
Fecha de creación: 30/04/19 - 10:01
 
 
---------------------------------------+----------------------------------------+-------------------------+-------------+---------+-----------
Empleado/a                             |Puesto                                  |Fecha de toma de posesión|Fecha de cese|Evaluador|Coordinador
---------------------------------------+----------------------------------------+-------------------------+-------------+---------+-----------
Aldridge Torres, Pérez                 |Física y Química P.E.S.                 |01/09/2012               |-999999999-01-01|Sí       |No
Álvarez Ortega, María Dolores          |Pedagogía Terapeutica Eso               |01/09/2005               |-999999999-01-01|No       |No
Baquero Reyes, Cristina                |Biología y Geología P.E.S.              |18/02/2019               |30/04/2019   |No       |No
Bermúdez Iñiguez, José Luis            |Geografía e Historia P.E.S.             |01/09/2018               |30/06/2019   |No       |No
Beswick Algarrada, Cristina            |Orientación Educativa P.E.S.            |01/09/2008               |-999999999-01-01|No       |No
Blanco Borrego, Mirian                 |Física y Química P.E.S.                 |01/09/2004               |-999999999-01-01|No       |Sí
Borrego Alcaide, Miguel Ángel          |Lengua Castellana y Literatura P.E.S.   |01/09/2018               |30/06/2019   |No       |No
Butrón Cobo, Lucía                     |Administración de Empresas P.E.S.       |25/09/2018               |09/03/2019   |No       |No

• Primero obtén el valor del JTextField
• Conviértelos a un array lista lo que quieras, que sea un array o lista XD
• Luego recorres esa lista
• Cuentas 2 posiciones y le setteas un " "  

package com.prueba.foro;
import javax.swing.*;
import java.awt.*;
import java.util.function.Predicate;
import java.util.stream.Collectors;
import java.util.stream.IntStream;
 
/**
 * @autor rub´n
 */
public class FormatearJTextField extends JFrame {
 
    private final JLabel jLabelTitulo = new JLabel("Introduce 10 números, enter para validar");
    private final JTextField jTextField = new JTextField();
    private final JLabel jLabel = new JLabel("Resultado: ");
    private final JPanel mainJPanel = new JPanel();
 
    private static final String ESPACIOS = "\\s+";
    private static final String LETRAS = "[a-zA-Z]+";
    private static final String NUMEROS_HASTA_10 = "[0-9]{10}";
    private static final String NUMEROS = "[0-9]+";
 
    public FormatearJTextField() {
        super("Formatear JTextField 00 00 00...");
 
        configureLayouts();
 
        configureJFrame();
    }
 
    private void configureJFrame() {
        add(mainJPanel);
        setResizable(Boolean.FALSE);
        setPreferredSize(new Dimension(366, 150));
        pack();
        setLocationRelativeTo(null);
        setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
        setVisible(true);
    }
 
    private void configureLayouts() {
        mainJPanel.setLayout(new BoxLayout(mainJPanel, BoxLayout.Y_AXIS));
        mainJPanel.setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder(10, 10, 10, 10));
        mainJPanel.add(jLabelTitulo, BorderLayout.NORTH);
        mainJPanel.add(Box.createVerticalStrut(20));
        mainJPanel.add(jTextField, BorderLayout.CENTER);
        mainJPanel.add(Box.createVerticalStrut(20));
        mainJPanel.add(jLabel, BorderLayout.SOUTH);
 
        listenerJTextField();
    }
 
    /**
     * Listener del JTextField
     */
    private void listenerJTextField() {
        jTextField.addActionListener(e -> {
            final String valor = jTextField.getText();
 
            final Predicate<String> predicate = p -> p.replaceAll(ESPACIOS,"")
                    .matches(NUMEROS_HASTA_10);
 
            if (validar(valor, predicate)) {
                JOptionPane.showMessageDialog(null, "Valores correctos");
 
                final char[] chars = valor.toCharArray();
                String sResultado = IntStream.range(0, chars.length)
                        .mapToObj(index -> chars[index])
                        .collect(Collectors.toList())
                        .toString()
                        .replaceAll(ESPACIOS, "")//quitar espacios en blanco
                        .replaceAll(",", "")//remover ,
                        .replaceAll("\\[", "")//remover [
                        .replaceAll("\\]", "");//remover ]
 
                final StringBuilder sb = new StringBuilder();
                for (int f = 0; f < sResultado.length() - 1; f += 2) {
                    sb.append(sResultado.substring(f, (f + 2)).concat(" "));
                }
 
                jLabel.setText("");
                jLabel.setText("Resultado: " + sb.toString());
                jTextField.setText(sb.toString());
 
            } else {
                final String sError = valor.replaceAll(ESPACIOS,"");
                if (validar(sError, p -> p.matches(LETRAS))) {
                    JOptionPane.showMessageDialog(null, "Valores invalidos");
                 } else if(validar(sError, p -> p.matches(NUMEROS))) {
                    JOptionPane.showMessageDialog(null, "cantidad de numeros es: " + sError.length());
                } else {
                    JOptionPane.showMessageDialog(null, "Valores invalidos");
                }
            }
        });
    }
 
    /**
     * Validador
     *
     * @param value valor obtenido del JTextField
     * @return boolean
     */
    private boolean validar(final String value, final Predicate<String> predicate) {
        return predicate.test(value);
    }
 
    public static void main(String... blabla) {
        new Thread(FormatearJTextField::new).start();
    }
}